G.I. Joe: Snake Eyes îl are ca protagonist pe Henry Golding în rolul lui Snake Eyes, un singuratic ambițios care e primit în rândurile clanului japonez Arashikage după ce îi salvează viața..
Acțiunea este plasată la începutul secolului XX, unde căpitanul Frank, care conduce o mică ambarcațiuni fluvială, pleacă împreună cu Lily Houghton, om de știință, și cu fratele acesteia..
Guy, un casier bancar, își dă seama că este de fapt un personaj secundar (NPC - non-player character) dintr-un joc video online, destul de brutal, denumit „Free City”. Datorită unui cod dezvoltat de programatorii..