G.I. Joe: Snake Eyes îl are ca protagonist pe Henry Golding în rolul lui Snake Eyes, un singuratic ambițios care e primit în rândurile clanului japonez Arashikage după ce îi salvează viața..
Acțiunea este plasată la începutul secolului XX, unde căpitanul Frank, care conduce o mică ambarcațiuni fluvială, pleacă împreună cu Lily Houghton, om de știință, și cu fratele acesteia..
Misterioasa Natasha Romanoff (Scarlett Johansson), maestră în spionaj și tehnici de infiltrare, expertă în arte marțiale, cu o agilitate excepțională, devine supereroina Văduva neagră și este nevoită să se confrunte..